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原料药行业执行《化学合成类制药工业水污染物排放标准》（GB 21904－2008）、《发酵类制药工业水污染物排放标准》（GB 21903－2008）、《提取类制药工业水污染物排放标准》（GB 21905-2008）。为解决水垢附着、设备腐蚀、微生物滋生及粘泥等问题，循环水运行中常需加入阻垢剂、杀菌剂、杀藻剂等，在循环水集中排出时可能造成瞬时的循环水排污水中污染指标的提高，可能导致化学需氧量、总磷超标。因此，前述标准规定，排水量包括与生产有直接或间接关系的各种外排废水（含厂区生活污水、冷却废水、厂区锅炉和电站排水等）。据此，原料药制造企业的间接冷却水、锅炉排污水均应作为外排废水，通过企业废水总排放口外排，为确保出水稳定达标，一般应归入综合废水加以收集处理，确未添加药剂的、不影响出水达标的，可直接排入污水管网。 其他行业的间接冷却水、锅炉排污水应按照相关排放标准、环境影响批复等要求从严管理。